En un primer momento el Museo de Covadonga acogió las ofrendas que a través de los tiempos han ido depositando los fieles en agradecimiento a la Virgen, como es tradicional en muchos santuarios. Esos exvotos estuvieron durante años expuestos en un salón situado dentro de la Casa Capitular (frente a la basílica), y popularmente era conocido como el Tesoro de la Santina.
En un primer momento el Museo de Covadonga acogió las ofrendas que a través de los tiempos han ido depositando los fieles en agradecimiento a la Virgen, como es tradicional en muchosa santuarios. Esos exvotos estuvieron durante años expuestos en un salón situado dentro de la Casa Capitular (frente a la basílica), y popularmente era conocido como el Tesoro de la Santina.
Con motivo del centenario de la Basílica, en el año 2001, el Museo de Covadonga se trasladó al edificio de la Escolanía, un grande y noble edificio donde se realizó la exposición titulada Covandoga, Iconografía de una devoción. En la nueva ubicación se dignificaron y modernizaron las instalaciones según los materiales y tendencias actuales para exponer la importante colección.
En este Museo los visitantes podrán ver y conocer la historia de este histórico Santuario desde la legendaria batalla con la que dio comienzo la Reconquista, iniciada por Don Pelayo (Fundador de la Monarquía), así como también las distintas transformaciones que ha sufrido a lo largo de su historia.
De enorme valor son la corona de la Virgen de Covadonga y el Niño, creadas por el joyero ovetense Félix Granda Buylla en 1918, año de la coronación canónica de la Virgen. Están fabricadas con platino, oro, diamantes, rubíes, zafiros, rosas de Francia, brillantes y perlas. Estas piezas solo se utilizan en día de Covadonga, el 8 de septiembre.
De estilo Manierista es el Cristo de marfil del Siglo XVI, perteneció a San francisco de Paula, y posteriormente al rey Felipe II, que lo donó al Santuario de Covadonga.
En el museo de Covadonga también se encuentran las reproducciones de los dibujos, que realizó para el proyecto de la Basílica, el arquitecto Ventura Rodríguez. Del Pintor Madrazo se expone un impresionante cuadro del Rey Pelayo. Además numerosísimas obras de orfebrería y ropa litúrgica, como el pectoral de San Melchor de Quirós y el manto y vestido de seda blanca bordado, donados a la Virgen de Covadonga por la Reina Isabel II.